注射用磷酸氟达拉滨可引起严重不良反应。约59%病人出现与剂量有关的骨髓抑制，包括
贫血、血小板减少、中性白细胞减少和CD4+细胞缺乏。该不良反应是可以逆转的，应定期测定外周血细胞数以防造血系统不良反应。其它不良反应有轻至中度的恶心和呕吐（36%）、发热（60%），疼痛（20%）、感染（33%）、寒战、腹泻，厌食、不适、药疹、水肿、
咳嗽、胰腺炎等。有时还会出现肿瘤溶解综合征。可表现为胸痛、血尿、高尿酸血症、高磷酸盐血症，低血钙、高血钾、尿酸盐结晶尿症、肾衰，可发生于治疗的第一周，对那些有危险病人应采取预防措施。
