由于营养摄入不足，机体消化，吸收利用的功能不完善，动用体内的糖元，继之消耗脂肪，蛋白质致负氮平衡，血浆蛋白，血糖，胆固醇均下降，基础代谢仅为正常小儿的70%或更低。营养不良小儿的消化道运动及分泌功能减弱，体液细胞免疫功能低落。
长期饮食不当，热量不足，人工喂养以粮谷类食物为主，质差量少，母乳不足，添加辅食不当，仓促断奶，婴儿不适应。消化系统疾病，先天畸形，唇裂，颚裂，幽门狭窄，贲门松弛，哺喂困难，消化功能不健全，吸收不良，肠炎，痢疾，寄生虫，肝炎等消化道感染性疾病。慢性消耗性疾病，反复发作的肺炎，结核等。还由于长期发热，食欲不振，摄入减少，消耗多而导致营养不良。其它情况如早产，双胎等均是营养不良的先天条件。较重的营养不良，为多种原因所致。
