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由于营养摄入不足，机体消化，吸收利用的功能不完善，动用体内的糖元，继之消耗脂肪，蛋白质致负氮平衡，血浆蛋白，血糖，胆固醇均下降，基础代谢仅为正常小儿的70%或更低。营养不良小儿的消化道运动及分泌功能减弱，体液细胞免疫功能低落。其它如维生素A、D、B、E、钙、铁、锌等的缺乏与营养不良并存。
总之，一、二度营养不良患儿主要表现为皮下脂肪减少，糖元储备不足，肌肉萎缩。三度营养不良，可见肠壁变薄，粘膜皱褶消失，心肌纤维混浊肿胀，肝脏脂肪变性，淋巴组织，胸腺及内脏均萎缩。
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