结核病灶中的结核菌群有4种类型已如上述，抗结核药物对各类菌群和细菌周围环境酸碱度的不同而有不同的杀菌及抑菌作用，如I对细胞外及生长于吞噬细胞中的活跃菌群（A、B菌群）有杀菌作用，S仅在碱性微环境中对细胞外菌群（A菌群）能发挥最大效应，而Z则在酸性环境下对细胞内B菌群有效。因此随着病程的进展，上述抗结核药物的作用有较大差异。
结核病变早期，组织局部pH值呈微酸性（pH6.5～7），以A菌群为主，I起主要杀菌作用，S次之。随着病情进展，组织pH值下降，B、C菌群增多，Z和R起杀菌作用，而I仅有抑菌作用。经治疗炎症反应受抑制，pH值回升，这时R为主要杀菌药物，S、I也有些作用，Z作用减弱。如炎症复发，pH值下降，又恢复到B菌群为主的状态，联用I、Z治疗优于I单用。一些治疗方案中药物的选用，和用药时间长短，都根据上述规律设计制定。
