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胎儿为了适应胎内缺氧的环境，他的红细胞体积大、数量多，以便携带更多的氧气和营养，供给胎儿的需要。出生后新生儿开始用肺呼吸，多余的红细胞被破坏而产生过多的胆红素，肝脏转化排泄胆红素的能力差，使胆红素在血中堆积所造成的。
新生儿在头1～2天的红细胞总数可高达每立方毫米500～700万，1个月末逐渐下降至450～460万。另外，正常情况下，胆红素在肠道内由于细菌的作用，才能变成尿胆元及粪胆元排出体外，而使大便色黄。刚刚出生的新生儿，肠道内细菌少，不能将肝脏所转化的全部胆红素处理掉，这些胆红素也是造成生理性黄疽的另一个原因。另外，新生儿的肝脏本身发育不够完善，肝酶活力差，不能有效地处理大量的胆红素。所以容易发生新生儿黄疸。
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