自主神经调节
消化道大部分是由自主神经控制的（不受人的意识控制）。自主神经系统可分为两部分：
.副交感神经系统，包括迷走神经，主要作用是促进胃肠运动。虽然有许多不同的神经递质，但乙酰胆硷仍被认为是最重要的促进平滑肌活动和激素分泌的神经递质。副交感神经系统利用肠肌间神经丛（如下）作为转换神经元
.交感神经系统主要作用是抑制胃肠运动，其神经纤维通过一系列神经节到达肠肌间神经丛（如下）。去甲肾上腺素是交感神经系统最重要的神经递质。
内在神经支配
胃肠道的内在神经支配是通过 ENS完成的，ENS为影响胃肠运动的一个复杂而高级的内在调节器。
胃肠道运动主要是在ENS作用下产生的。ENS直接从肠道获得信息，在或不在自主神经系统的参与下迅速产生相应的应答。因此，ENS常称为“肠道的微型大脑”。
ENS的神经也被认为是副交感神经和交感神经、平滑肌细胞、肠粘膜腺体，以及其他壁内神经细胞之间的转换神经元。通过这种方式，自主神经系统，或实际上是中枢神经系统，可调节ENS的活动。
ENS由两个不同的神经网络组成：
.肠肌间神经丛（Auerbach神经丛）是位于环肌层和纵肌层之间的神经网络
.粘膜下神经丛（Meissner神经丛）是位于粘膜下层，在粘膜层和环肌层之间的神经网络。
