咽囊在胚胎发育过程中会衍化成一些重要的解剖结构。第一对咽囊衍化为上颌窦和鼻泪管；第二对咽囊衍化为腭扁桃体的被膜；第三对咽囊的一部分形成下段甲状旁腺，另一部分则形成胸腺的上皮细胞；第四对咽囊衍化为上段甲状旁腺；第五对咽囊通常认为衍化为 ultimobranchial 体，该结构最终与甲状腺融合。这些解剖结构在人体生理功能中扮演着重要角色，了解它们的起源对于深入理解相关疾病的发生机制具有重要意义。
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