甲氧苄啶与磺胺类药物合用可以增强对抗许多革兰氏阳性菌和阴性菌的疗效，特别是对于大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌等有显著效果。这种联合用药机制在于两者分别作用于细菌叶酸合成途径的不同环节，甲氧苄啶抑制二氢叶酸还原酶，而磺胺类药物抑制二氢蝶酸合成酶，从而达到双重阻断细菌核酸合成的效果，增强了抗菌活性和治疗效果。
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