在口腔中，主要由唾液腺分泌的唾液中含有多种酶。其中，对于蛋白质的初步消化起作用的是唾液中的溶菌酶（Lysozyme）。需要注意的是，与碳水化合物的消化有关的主要是在唾液中发现的α-淀粉酶（也称为唾液淀粉酶），但它并不参与蛋白质的消化过程。
溶菌酶是一种能够破坏细菌细胞壁的酶，在口腔中有轻微的抗菌作用。虽然它不是专门用于消化食物中的蛋白质，但在一定程度上可以对摄入的食物进行初步处理，尤其是对于一些含有细菌或其它微生物的食物成分来说，溶菌酶能起到一定的分解和消毒的作用。
总的来说，在口腔内直接参与蛋白质消化的酶并不是特别多，大部分蛋白质的消化是在胃部由胃蛋白酶（Pepsin）等开始，并在小肠中通过胰腺分泌的各种蛋白酶完成。
