虽然口腔溃疡的确切原因尚不清楚，但大多数学者认为口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果。免疫、遗传和环境可能是口腔溃疡“三联因素”，即遗传背景和适当口腔溃疡示意图的环境因素（包括精神和神经体质、心理行为状态、生活、工作和社会环境等）会导致口腔溃疡特征性疾病的异常免疫反应。其他人也提出“二联因素”即外源性因素（病毒和细菌）与内源性诱导因素（激素变化、心理因素、营养缺乏、系统性疾病和免疫功能障碍）的相互作用。大多数医生认为口腔溃疡与以下因素有关：

1.消化系统疾病和功能障碍

患有系统性疾病的患者容易患口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明：30％-48％；口腔溃疡患者有腹胀、腹泻或便秘等消化道疾病。ÿ以上有消化道溃疡。

2.内分泌变化

一些女性患者经常发生在月经期，这可能与体内雌激素量的下降有关。有些女性在月经期间或月经前后都会出现口腔溃疡，药物治疗只能暂时缓解，下个月仍然出现口腔溃疡，疼痛难以忍受，同时，往往伴有口干、不安、易怒、大便干燥等烦人症状。临床研究发现，月经期口腔溃疡主要是由于体内孕酮水平的增加和雌激素（孕酮等）水平的下降。

3.精神因素

有些病人在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能障碍有关。

4.遗传因素

如果父母双方都患有复发性口腔溃疡，他们的孩子大约有80个—90％；如果父母之一生病，他们的孩子大约有50个—60％患病。

5.其他因素

锌、铁、叶酸、维生素缺乏微量元素B12.营养不良可以降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡的可能性。病毒可能是口腔溃疡的启动因素，但相关抗体尚未在患者血清中找到，也没有关于病毒从口腔溃疡的损伤组织中分离出来的报道。细菌对口腔溃疡的作用已提出多年。与口腔溃疡密切相关的细菌包括血链球菌和幽门螺杆菌。超氧自由基的产生和清除率不平衡，血栓素B2和6酮前列腺素的比例紊乱和整体水平的下降会导致口腔溃疡。微循环障碍导致血流缓慢，血流低，毛细血管静脉端管径扩张，导致局部缺血和缺氧，导致粘膜膜损伤和溃疡形成。血清缺锌、缺铁、高铜等RAU它的发生有一定的相关性。据报道，戒烟也会诱发口腔溃疡。牙膏中的成分12-烷硫酸钠(SLS)可刺激粘膜，诱发口腔溃疡。

6.中医病因机制

按照中医的理论体系，口腔溃疡有以下几种病因：一是外感六淫，主要是燥、火两邪，燥邪干涩，易伤津液，火为阳邪，其性炎上，津伤火灼，口疮乃发。故口疮多在秋季及气候突变时容易复发。二是饮食不节，由于过食辛辣肥厚之品或偏食，致火热内生，循经上攻，熏蒸口舌，并常耗伤心肺肾之阴津，致口疮发生。三是情志过极，患者素日思虑过度，心烦不寐，五志郁而化火，心火亢盛，上炎熏灼口舌，或心火下移于小肠，循经上攻于口，可致口舌生疮；或平素多有郁怒，肝郁气滞，肝气不疏，郁而化火，暗耗阴血，致冲任经脉不调，经行之时，经气郁遏更甚，肝火旺盛，上灼口舌而致口疮。四是素体阴亏，患者素体阴液不足，或久病阴损，虚火内生，灼伤口舌，乃至口舌生疮。五是劳倦内伤，或久病伤脾，脾气虚损，水湿不运，上渍口舌，而致口疮；或郁久化热，湿热上蒸，亦可致口疮。更有甚者，脾气虚极，伤及脾阳，脾阳不足，寒湿生热，上渍于口，可发口疮。六是先天察赋不足，或久用寒凉，伤及脾肾，脾肾阳虚，阴寒内盛，寒湿上渍口舌，寒凝血淤，久致口舌生疮。总之外感六淫燥火，内伤脏腑热盛是致病主因，主病之脏在于心和脾(胃)。

7.局部营养输送障碍

口腔溃疡与炎症有关，但不仅仅是火灾引起的。事实上，口腔粘膜的免疫功能缺失与牙龈萎缩的原因相同，是由局部营养缺乏引起的。局部营养缺乏会导致局部免疫力低下，某些会导致溃疡的病毒长期潜伏在口腔粘膜中，但由于局部营养缺乏，粘膜对其失去抵抗力，导致溃疡。