常见并发症与妇科宫颈炎、盆腔炎同时发生，也常与滴虫性阴道炎同时发生，有报道滴虫培养阳性妇女中有86%的妇女合并本症。此外在妊娠期细菌性阴道病常可引起不良围产期结局如绒毛膜羊膜炎、羊水感染、胎膜早破、早产及剖宫产后或阴道产后子宫内膜感染等。
盆腔炎：手术证实，患有盆腔炎女性的上生殖道分泌物中最常分离出的菌群与细菌性阴道病的菌群一致。盆腔炎患者合并细菌性阴道病者占61.8%。
子宫出血和子宫内膜炎：异常子宫出血常由子宫内膜炎所致。子宫内膜炎引起异常子宫出血与受感染鶒的子宫内膜对卵巢激素鶒的异常反应或子宫内膜受到感染或炎症的直接破坏有关。对细菌性阴道病患者口服甲硝唑治疗，可以迅速地缓解子宫出血。
妇科手术后感染：在手术终止妊娠的女性中，妊娠合并细菌性阴道病女性鶒的盆腔炎发病率是未合并细菌性阴道病女性者的3.7倍。对手术流产女性口服甲硝唑治疗细菌性阴道病可减少70%的术后盆腔炎发生率。合并细菌性阴道病患者子宫全切术后阴道断端蜂窝织炎、盆腔脓肿或两者并存的危险性增加。
宫颈癌：细菌性阴道病、宫颈上皮内瘤样病变以及生殖道人乳头状瘤病毒感染有相同的流行病学特征，细菌性阴道病的厌氧菌代谢可产生胺及有致癌作用的亚硝基胺。细菌性阴道病患者阴道分泌物中存在高浓度磷脂酶C和A2健康搜索，后者可增加了人乳头状瘤病毒感染健康搜索的易感性，这些可能在宫颈上皮细胞转变方面起一定的作用。
HIV感染： 细菌性阴道病可增加异性间HIV(人类免疫缺陷病毒)传播的危险性。当pH值增加时，HIV的生存能力和黏附能力增加鶒，并且可能使传播更为容易。同时，细菌性阴道病可改变阴道分泌物的其他理化性质，这些变化可改变宿主的防御机制，使HIV易感性增加。
不育和流产：细菌性阴道病患者输卵管因素不育症发生率增高。在助孕治疗中，细菌性阴道病患者和非细菌性阴道病患者的胚胎种植率相似，但细菌性阴道病患者早孕期流产率高于非细菌性阴道病者。羊膜绒毛膜炎、胎膜早破、早产和低出生体重儿 细菌性阴道病患者阴道内细菌可通过胎膜进入羊膜腔，导致羊膜炎及羊膜绒毛膜炎，并可进一步发展为胎膜早破、早产和分娩低出生体重儿。产后子宫内膜炎及剖宫产后伤口感染 ，剖宫产分娩的细菌性阴道病患者手术后腹部伤口感染和子宫内膜炎发生率较非细菌性阴道病患者高。从这些患者产后子宫内膜炎部位常可培养出与细菌性阴道病相关的阴道菌。
