电子结肠镜检查的适应症相当广泛，凡属于下列情况而无禁忌症时均可行电子结肠镜检查。
1、原因不明的下消化道出血。
2、原因不明的慢性腹泻。
3、原因不明的腹部肿块，不能排除大肠及回肠末端病变者。
4、原因不明的中下腹疼痛。
5、疑有良性或恶性结肠肿瘤，经X线检查不能确诊者。
6、疑有慢性肠道炎症性疾病。
7、钡剂灌肠或肠系检查发现异常，需进一步明确病变的性质和范围。
8、结肠癌手术前确定病变范围，结肠癌、息肉术后复查及疗效随访。
9、原因不明的低位肠梗阻。
目前结肠镜检查已不像过去人们想象的那样痛苦，大多数人都可接受。
另外：患者也可要求在全麻下做无痛肠镜，当你睡了一觉时，肠镜已做好了，但全麻的风险不可不考虑。
电子肠镜检查的禁忌症：肛管直肠狭窄、内窥镜无法插入时，不宜做内窥镜检查。有腹膜刺激症状的患者，如肠穿孔、腹膜炎等，禁忌做此项检查。肛管直肠急性期感染或有疼痛性病灶，如肛裂、肛周脓肿等，避免做肠镜检查。妇女月经期不宜检查，妊娠期应慎做。年老体衰、严重高血压、贫血、冠心病、心肺功能不全者，不宜做内窥镜检查。腹腔、盆腔手术后早期，怀疑有穿孔、肠瘘或广泛腹腔粘连者，禁忌做此检查。
