这是一个至关重要的外在条件，因为研究的大部分内容都必须在里边完成。我国目前由于受经济和技术条件限制，不少微生物实验室仍将实验用房简易分隔成操作间和缓冲间，操作间又分隔成许多小隔离区，如霉菌区等，并靠安装几支紫外线消毒灯，以达到隔离与消毒的目的。这种实验室格局在一部分医疗单位还在使用，并以菌落数等一些技术参数为控制指标，这些显然已跟不上医学发展的要求。
什么样的实验室才算得上合格的实验室呢？较完善的微生物实验室一般应具备无菌实验室、净化实验室、实验室等，净化实验室应采用封闭过滤除菌，通风方式、吊顶、隔墙、围护全部采用彩钢板，地面作环氧树脂自流平处理，并设置非净化区、更衣区、净化区。净化实验室应定期进行风速监测和及时更换过滤层罩，条件有限的实验室可使用超净工作台医|学教育网搜集整理；无菌室应配紫外线消毒装置，在使用前后都应用紫外线灯照射消毒，并定期进行紫外线强度和空气质量监测；实验室除了正常管理、维护之外，要注意空气过滤的质量和工作人员的隔离防护。
