整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，即整条肽链所有原子在三维空间的排布位置。蛋白质三级结构的形成和稳定主要靠次级键——疏水作用，离子键、氢键和Vanderwaals等。一些蛋白质的三级结构可形成数个结构域，各结构域都有特殊的功能。例如纤连蛋白每条多肽链含有6个结构域，医学教育网|收集整理分别与细胞、胶原、DNA和肝素等结合。
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