人类对微生物的利用甚早。我国在利用微生物方面，更有着丰富的经验和悠久的历史。公元前3世纪，在《吕氏春秋》里就有“仪狄作酒禹饮而甘之”之说。公元前14世纪的《书经》上记载着“著作酒醴尔惟曲蘖”，意思是如果要酿酒的话，就要将发芽的谷物发霉而做成曲种。在公元6世纪，后魏贾思勰所著的《齐民要术》一书中就详细记载了制曲和酿酒的技术，还记载了栽种豆科植物可以肥沃土壤，当时虽不知根瘤菌的存在，也不知固氮作用，而会利用根瘤菌积累氮肥，等等。
19世纪末和20世纪初，微生物学被牢固地建立起来。其后，它的主要发展有两个方面：一是研究传染病和免疫学，研究疾病的防治和化学治疗剂的功效；另一方面是和遗传学的结合。
随着社会经济发展的需要，人们不断加强对微生物的研究，已形成了许多微生物学的分支学科。例如有普通微生物学、微生物生理学、微生物生态学、微生物遗传学；有病毒学、细菌学、真菌学；还有土壤微生物学、海洋微生物学；再有医学微生物学、工业微生物学、农业微生物学、环保微生物学、医学教.育网搜集整理石油微生物学等等，所以，微生物学的发展历史是辉煌的。
