酶在细胞内的区域化分布以及酶催化的反应可以在相对独立的空间内进行是通过膜的分隔作用实现的。膜通过选择性地阻隔某些底物或酶穿透膜，可以将某些反应限制在一个特定的空间进行。例如肌肉和其它组织活动产生的代谢产物氨是一种有害物质，由于它是碱性分子，不能跨膜进入血液中，而只能在细胞内被转化成无毒的中性物质丙氨酸或谷氨酰胺，再经血液循环运送到肝脏中进行处理。
不同的膜，通透性也不相同。底物或酶通过膜的通透性和转运机制，可以使各个相关的酶促反应连续和协调地进行。在生物代谢过程中，不同代谢途径之间相互连接、相互转变，主要是通过膜的通透性来调节的。
某些激素和炎症能够影响膜的通透性，从而对膜的调控能力产生影响。例如，由于肝炎病人肝脏的炎症使肝细胞膜通透性增加，大量谷丙转氨酶从肝酶从肝细胞跨膜进入血液，医学教.育网搜集整理结果是肝细胞内谷丙转氨酶含量减少，使肝病的转氨功能减弱。
