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传染病在祖国医学属温病范畴。卫、气、营、血分别代表传染病的病期，病程发展的不同阶段。依次来用解表宣肺、清气泻下、清营开窍及滋阴化淤的治则施以治疗。常用的方剂有银翘散、桑菊饮、白虎汤、至宝丹、安宫牛黄丸、紫雪等。许多中草药具有抗菌，抗毒调节免疫功能的作用。中西医结合治疗流行性乙型脑炎，病毒性肝炎，流行性出血热，医学教|育网搜集整理晚期血吸虫病等都取得了较好的效果。
针灸疗法在传染病的治疗中应用范围广泛，对退热，止惊，止痛，肢体瘫痪及其它后遗症的治疗，均有不同程度的效果。
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