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当心脏内因瓣膜病变或心脏先天性畸形发生局部高速血流，在此血流的附近，会发生血液的湍流，导致血小板聚集和粘附于受累及的心脏组织表面，形成细小的赘生物。当某些原因导致活的细菌或霉菌进入血液（菌血症）时，这些微生物极易粘附在这些赘生物上并进行繁殖，导致感染性心内膜炎的发生。与先天性心脏畸形一样，瓣膜功能异常（尤其是瓣膜关闭不全）也是感染性心内膜炎的重要危险因素，医.学教育网搜集整理即当存在此情况时，感染性心内膜炎的发生概率明显增高。
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