疟疾分布广泛，北纬60°至南纬30°之间，海拔2771米高至海平面以下396米广大区域均有疟疾发生。我国除青藏高原外，遍及全国。一般北纬 32°以北（长江以北）为低疟区；北纬25°～32°间（长江以南，台北、桂林，昆明连线以北）为中疟区；北纬25°以南为高疟区。但实际北方有高疟区，南方也有低疟区。间日疟分布最广；恶性疟次之，以云贵、两广及海南为主；三日疟散在发生。
本病流行受温度、湿度、雨量以及按蚊生长繁殖情况的影响。医'学教育网|整理温度高于30℃低于16℃则不利于疟原虫在蚊体内发育。适宜的温度、湿度和雨量利于按蚊孳生。因此，北方疟疾有明显季节性，而南方常终年流行。疟疾通常呈地区性流行。然而，战争，灾荒，易感人群介入或新虫株导入，可造成大流行。
