抗菌药物临床应用管理办法中关于医疗机构罚款情况，有如下规定：
第五十条 医疗机构有下列情形之一的，由县级以上卫生行政部门责令限期改正，给予警告，并可根据情节轻重处以三万元以下罚款；对负有责任的主管人员和其他直接责任人员，可根据情节给予处分：
（一）使用未取得抗菌药物处方权的医师或者使用被取消抗菌药物处方权的医师开具抗菌药物处方的；
（二）未对抗菌药物处方、医嘱实施适宜性审核，情节严重的；
（三）非药学部门从事抗菌药物购销、调剂活动的；
（四）将抗菌药物购销、临床应用情况与个人或者科室经济利益挂钩的；
（五）在抗菌药物购销、医学教育网搜集|整理临床应用中牟取不正当利益的。
