疫苗流通和预防接种管理条例对疾病预防控制机构在疫苗接种工作中的处罚情况，有如下说明：
第五十八条 疾病预防控制机构、接种单位有下列情形之一的，由县级以上地方人民政府卫生主管部门责令改正，给予警告；有违法所得的，没收违法所得；拒不改正的，对主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予警告、降级的处分；造成受种者人身损害或者其他严重后果的，对主要负责人、直接负责的主管人员依法给予撤职、开除的处分，并由原发证部门吊销负有责任的医疗卫生人员的执业证书：
（一）从不具有疫苗经营资格的单位或者个人购进第二类疫苗的；
（二）接种疫苗未遵守预防接种工作规范、医学教育网搜集|整理免疫程序、疫苗使用指导原则、接种方案的；
（三）发现预防接种异常反应或者疑似预防接种异常反应，未依照规定及时处理或者报告的；
（四）擅自进行群体性预防接种的。
