菌株
脑膜炎双球菌有13种不同的血清群，根据牠们多糖类荚膜的抗原性结构而分类。五个血清群：A型、B型、C型、Y型及W135型差不多是造成所有人类患病个案的血清群。
A型：一般在下撒哈拉的非洲国家出现，建议前往该地区前先接受A型及C型的疫苗接种。中国主要是此型脑膜炎广为流行。
B型：最为至命的菌株，在英国的病症中有40%就是由此菌株造成。由于B型有着能改变的特性，使该地未能研制普遍对抗此株的疫苗。但是在新西兰已发展出及使用一种名为MeNZB的疫苗，能抵抗某些特定的B型脑膜炎双球菌。
C型：在英国未有适合婴儿的疫苗前，造成该国约60%的婴儿病症。初期非结合型的A型及C型的疫苗对2岁以下的婴儿没有效用，而结合型的疫苗则能诱发婴儿的免疫系统。中国从安徽省开始，C型流脑较为流行。
W135型：对前往麦加朝圣的人造成麻烦，沙特阿拉伯经已规定所有欲前往朝觐的人须有接受W135型的疫苗的证明。
Y型：过往十年在北美洲引发病症。
其他菌株包括29-E型、H型、I型、K型、L型、X型及Z型。
