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《黄帝内经》以黄帝、岐伯等问答的形式写成。原书十八卷。医圣张仲景“撰用素问、九卷、八十一难……为伤寒杂病论”，晋皇甫谧撰《针灸甲乙经》时，称“今有针经九卷、素问九卷，二九十八卷，即内经也”，《九卷》在唐王冰时称之为《灵枢》。至宋，史嵩献家藏《灵枢经》并予刊行。由此可知，《九卷》、《针经》、《灵枢》实则一书而多名。宋之后，《素问》、《灵枢》始成为《黄帝内经》组成的两大部分。

《内经》具有比较完整的理论体系，举凡人与自然、摄生、防病、生理、脏腑、经络、病证、诊断治疗、中药、方剂、针刺灸熨、导引、按挢，以及五运六气等等学说莫不赅备，堪称中医理论的渊源，历代医家均将其奉为圭臬。除医学理论外，又广泛涉及到天文、地理、气象、物候、历算、哲学等许多方面，因此有人把它说成中国先秦时代的百科全书。

《黄帝内经》继承了“气一元论”的哲学思想，其朴素唯物论和辩证法思想发展并丰富了《内经》以前的古代哲学。

《素问》自“上古天真论”、“四气调神篇”至“解精微论”（共81篇），《灵枢》（又名《灵枢经》）自“九针十二原”、“本输”至“痈疽”篇（亦为81篇），内容大致包括摄生（养生、预防）、阴阳、藏象（脏腑之生理、病理反映，并包括五脏六腑、“奇恒之腑”之功能）、经络（十二经、奇经八脉）、论治（包括治则和治法，治法如针、砭、灸、汤药、药酒、按摩、气功、温熨及贴药等外法）、药性理论、运气学说等。这些论述不仅奠定了中医学理论基础，对后世临床医学的发展也起到了关键作用。此书从总体上反映了战国到秦汉这一历史时期众多医家所积累和总结的学术经验，以及当时的医学水平。《内经》所贯串的统一整体观、发展变化观和恒动观等具有朴素唯物论和辨证法观点的学术思想，构成了中医学的特色。

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