医疗机构在传染病防控中的主要职责包括以下几个方面：
1. 早发现、早报告：一旦发现疑似或确诊病例，应立即按照规定程序向当地卫生行政部门和疾病预防控制机构报告，并采取必要的隔离措施。
2. 患者管理与救治：对确诊患者进行及时有效的治疗，同时做好患者的护理工作。对于重症患者要给予特别关注，确保他们能够得到最佳的医疗照顾。
3. 预防性措施实施：根据疫情发展情况和专业指导，落实消毒、通风等预防措施；向公众提供健康教育信息，提高其自我保护意识。
4. 流行病学调查配合：协助疾控部门开展流行病学调查工作，追踪密切接触者，并对相关场所进行环境评估与处理。
5. 医疗资源调配：合理安排医护人员、药品物资等医疗资源，确保防控工作的顺利进行。在必要时还需负责转运病人至指定医院接受进一步诊治。
6. 信息沟通与协作：与其他医疗机构及相关部门保持良好沟通，共同应对疫情挑战；及时分享经验教训，提高整体防控水平。

通过上述职责的履行，医疗机构不仅能够有效控制传染病的发生和传播，还能为患者提供高质量的服务，维护社会公共卫生安全。