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临床症状常不典型，其潜伏期较长，一般1~3周，症状较轻，仅有尿道刺痒及轻度烧灼感，尿道分泌物稀薄而少。
1.男性非淋菌性尿道炎
症状与淋病相似，但程度较轻。有尿道刺痒和排尿疼痛，少数有尿频、尿急。尿道口可见轻度红肿，有少量浆液性分泌物，部分病人晨起时尿道口有少量分泌物结成的脓膜封住尿道口，或内裤上有污秽分泌物，很少有脓性分泌物，也有部分病人可无症状。少数病人可同时合并淋球菌的感染。常见并发症有附睾炎、前列腺炎、Reiter综合征（为尿道炎、结膜炎和多发性关节炎三联征）。
2.女性非淋菌性泌尿生殖道炎
可表现为宫颈炎、尿道炎，少数病人无症状。可并发输卵管炎、子宫内膜炎等，导致不孕或宫外孕。
3.新生儿结膜炎或肺炎
经产道感染，前者多在生后5~14天出现；后者发生在出生后2~3周。但大多在6周时才确诊。
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