口、舌、食道、胃、肠及阴道的膜都呈现与皮肤相类似的改变，可见萎缩、发炎以及小溃疡。最典型的改变见于肠，可有无数的小溃疡，上面覆盖着纤维蛋白，肠粘膜下有小脓肿，粘液腺呈现囊状扩张。肝可呈现门静脉周围的脂肪变性，中枢神经系统也可有斑状非特异性变性。有一些组织，例如肌肉和受损的皮肤，其中NAD和NADP含量下降。正常胃的泌酸细胞含有大量的吡啶核苷酸，在癞皮病患者中含量降低，故出现胃酸缺乏。脑中5-羟色胺的减少，故出现精神的改变，最明显的为忧郁的表现。5-羟色胺是由色氨想不到答成而来，癞皮病患者主要是缺乏尼克酸和色氨酸。有报告说明癞皮病患者血小板中5-羟色胺含量减少，尿中5-羟色吲哚乙酸排出量出降低。
