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在一般情况下不引起急性中毒反应，而是引起某些疾患或积累性慢性中毒现象。如果某种污染源长期存在，也可能导致严重的疾病。流行病学认为，某些慢性疾患甚至癌症与长期摄入某些有毒物质污杂的食品有关。产生慢性毒害的物质有10类。
①人畜共患传染病源：
有些牲畜疾病能传染给人体，称人畜共患传染病。如炭疽、鼻疽、口蹄疫、猪水泡病、猪瘟、猪丹毒和猪出血性败血症、结核病、布氏杆菌病等传染病，发生在猪、牛、羊、马、骡或驴身上，人吃了受这些病原体污染的食物，有可能引起疾病。
②人畜共患寄生虫病源：
有些牲畜的寄生虫病，如囊虫病（绦虫病）、旋毛虫病、猪弓形体病等，也可传给人体。人们食用带有这些病原体的食物，也可能得病。
③霉菌及霉菌毒素：
干燥不完全的食品容易受霉菌污染而发霉，引起食品变质。有些霉菌的代谢产物中含有毒性很强的毒素（称为霉菌毒素）。流行病学认为，其中的黄曲霉和寄生曲霉产生的黄曲霉毒素与肝癌有关联。黄曲霉毒素主要发现在花生、谷物中，但当谷物的水分活度小于0.83或水分含量小于8%～12%时，未见有此毒素。赭曲霉毒素和棒曲霉毒素的毒性问题也已引起关注。已经过不同程度研究的霉菌毒素在200种以上。
④一般细菌：
污染食品的除致病菌外，大量的是非致病性的一般细菌。食品受一般细菌污染的程度是评价食品卫生质量的重要指标。天然食品原料组织内部原来并没有或很少有细菌。食品中的细菌主要来自产、贮、运、销各个环节的外界污染，以及在食品中的滋生繁殖。单位重量或容量的食品中所含的细菌总数目称为细菌总数，而用定量的食品在规定条件下进行平板培养，使适应这些条件的每一个活菌细胞必须而且只能生成一个肉眼可见的菌落，其结果称为该食品的菌落总数，现在被普遍采用作为各种食品的卫生标准。细菌污染是食品腐败变质的主要原因。防止食品腐败变质的重要措施是减少与细菌源接触的机会，控制细菌所赖以繁殖的条件，并对食品进行不同程度的杀菌。
⑤有毒金属：
有些金属尚未被证实具有生理功能，在正常情况下，人体只需极少量或只能耐受极小量，剂量稍高即可呈现毒性作用，这些金属称为有毒金属。有毒金属来源于土壤、水、空气、农用化学品、工业三废、加工用机械设备、管道、容器、添加剂等，其中以汞、镉、铅、砷毒性较大。
⑥农药污染：
各种农药直接接触农产品或通过土壤、水、空气又转移给农产品，会造成食品污染。多数农药对人体有不同程度的毒性，各国都制订有法规、标准，限制农药的品种、施用范围、施用方法和允许在土壤中的残留量。食品加工时要对原料进行必要的清洗和处理，减少农药残留。
⑦包装材料污染：
包装食品所用的塑料、涂料、橡胶、金属、陶瓷等材料，如果质量不良或使用不当，其中所含的多种化学助剂、聚合物的单体、釉药中的铅盐、煤焦油成分多环芳烃或金属盐类等毒性物质可能溶出，从而污染食品。
⑧食品添加剂：
大多数食品添加剂并非食品的天然成分，用之失当也可能引起各种形式的毒性表现。各国都有相应的法规、标准，规定食品添加剂种类、限量、使用范围等以及添加剂本身的质量标准。
⑨生产过程中的污染：
食品在生产过程中，由于某些传统的生产工艺要求，产生一些有毒物质。例如，医学教育`网搜集整理许多食品原料含有硝酸盐、亚硝酸盐及仲胺类化合物，在多种微生物的作用下能促使形成与人类某些癌症有关的亚硝胺类化合物。腌制鱼、肉时，加入亚硝酸盐作为食品发色剂及抑菌剂，加速了亚硝胺的合成。又如传统的燃烧木屑熏烟烧烤食品的方法，也产生具有致癌活性的苯并芘等多环芳烃。近代食品工艺学家已研究出一些新的技术方法以避免产生这类有害物质。
⑩污物、恶性杂质：
食品生产、贮运过程中，由于管理不善等原因，可能混入昆虫、昆虫肢体、鼠毛、鼠屎尿、砂砾、尘土等各种污物和铁钉、细针、金属碎屑、碎玻璃、木屑、油漆等恶性杂质，严重妨碍食品的安全卫生。
