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强直性脊柱炎的病因尚未完全明确，目前认为与下列因素有一定关系：
（1）基因因素：
本病发病与遗传因素有密切关系，强直性脊柱炎的HLA-B27阳性率高达90%～96%，家族遗传阳性率达23.7%，类风湿者其家族的发病率为正常人的2～10倍，而强直性脊柱炎家族的发病率为正常人的30倍。
（2）感染因素：
泌尿生殖系感染是引起本病的重要因素之一，盆腔感染经淋巴途径播散到骶髂关节再到脊柱，还可扩散到大循环而产生全身症状及周围关节、肌腱和眼色素膜的病变。
（3）内分泌失调或代谢障碍：
由于类风湿多见于女性，而强直性脊柱炎多见于男性，故被认为内分泌失调与本病有关。但利用激素治疗类风湿并未取得明显效果，激素失调与本症的关系也没有肯定。肾上腺皮质机能亢进的病人患类风湿或强直性脊柱炎的比率无明显增加或减少。
（4）其他因素：
年龄、体质、营养不良、气候、水土、潮湿和寒冷。其它包括外伤、甲状旁腺疾病、上呼吸道感染、局部化脓感染等，可能与本病有一定关系，但证据不足。
