中医将腹泻大致分为湿热型、脾虚型、肝脾不调型、风寒型、暑热型、饮食停滞型等。黄连有清热燥湿，泻火解毒的功效，对于腹泻具有很好的治疗作用，但并不是每个人发生腹泻都可以用。夏天出现腹泻多与饮食不洁有关，多属湿热型。根据个人的不同情况，进行辨证论治后，采用黄连配葛根、黄芩等，对湿热型腹泻治疗效果很好。
有的人发生腹泻后，不怕黄连苦味，自己用黄连泡水喝。专家指出，这种做法不可取，一方面，黄连一味药并不能很好地治疗腹泻，医生要根据每个人的体质虚实情况进行辨证用药。另一方面，并不是每个人都能用黄连。比如，有大便稀、经常出现腹部冷痛的人就不能用。这类人属于脾胃虚寒型，如果这样的人发生腹泻用黄连，不但不能起到治疗作用，反而会加重胃寒呕吐或脾虚泄泻的症状。因此，一定要在医生指导下，分清自己到底属于哪种类型的腹泻再用药。
黄连还有治疗口臭的作用，但也有适应范围。中医认为，脾胃湿热可导致口臭，根据病人热重或湿重的不同，可以用黄连进行不同的配伍用药治疗。如果是湿重，需加健脾化湿的中药，若是热重则加清热泻火的中药。
黄连苦寒、伤胃，专家特别提醒，儿童在一般情况下不能使用黄连，因为儿童发育不成熟，脾胃功能不健全，使用黄连会造成胃肠损害。
