脑干的功能与脊髓相似，也有反射与传导两种功能。脑干的反射功能远较脊髓的复杂，尤其是延髓网状结构内存在重要反射中枢，如心血管活动中枢、呼吸中枢等。下面主要介绍与临床有关的脑干反射：角膜反射、咽反射。瞳孔对光反射将在视觉传导路中叙述。
1.角膜反射：角膜反射是以棉花轻触一侧眼球的角膜，引起双眼闭合。
其反射通路是：
角膜→三叉神经的眼神经→三叉神经脑桥核及脊束核→两侧面神经核→两侧面神经→两侧眼轮匝肌。
刺激一侧眼球角膜，可引起两眼闭合，其中刺激侧的反应称直接角膜反射，未刺激侧的反应称间接角膜反射。
2.咽反射：咽反射是用压舌板轻触咽后壁，引起软腭或腭垂上提及呕吐的动作。
其反射通路是：咽后壁→舌咽神经及迷走神经→孤束核→疑核→舌咽神经、迷走神经→软腭肌、咽肌。
该反射弧任何一部分受损，咽反射即消失，如其中的传出神经受损，还伴有患侧软腭低于健侧、腭垂偏向健侧、吞咽困难、呛咳等。
3.瞳孔对光反射。
