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综合笔试成绩是由国家医学考试中心统一阅卷，在专门的保密场所，全程采用计算机处理，不存在主观因素，也绝无人工参与修改机会。这一过程只需要2周左右。
为保证考试的公平性和严肃性，考试结束后，国家医学考试中心会对全国各地考试情况进行复核，包括抽取影像资料等，防止有人投机作弊，同时对考试过程中的违纪考生进行处理。
出题专家对每道考进行分析，根据阅卷后模型统计出全国考生的正确率，分析判定试题的效度和信度；对异常试题进一步分析，考生在成绩公布后得到的成绩分析报告就是成绩公布前的统计分析。
阅卷结束，国家医学考试中心再次核准成绩，最后国家医师资格考试委员会召开会议【含总后卫生部】，确定综合笔试成绩发布时间。
医师资格考试的合格线由卫生部医师资格考试委员会确定，并于每年的10-11月间向社会公告，自2017年开始临床执业医师实行固定分数线360分。
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