酶的化学本质主要是蛋白质，这一结论有着多方面的依据和特点。

从酶的发现和研究历史来看，早期的研究就揭示了酶与蛋白质的密切关系。科学家们通过对酶的分离、纯化和性质分析，发现酶具有蛋白质所特有的一些性质，比如在加热、酸碱环境改变等条件下，酶会像蛋白质一样发生变性，从而失去其催化活性。这表明酶的结构和功能与蛋白质的特性高度相关。

从化学组成上看，酶和蛋白质一样，都是由氨基酸通过肽键连接而成的生物大分子。酶的一级结构就是氨基酸的排列顺序，这种顺序决定了酶的高级结构和功能。不同的氨基酸序列赋予了酶独特的三维空间结构，而这种空间结构对于酶发挥其催化作用至关重要。例如，酶的活性中心通常是由特定的氨基酸残基组成，这些氨基酸残基在空间上相互靠近，形成一个能够特异性结合底物并催化反应进行的区域。

从生物学功能角度，酶作为生物催化剂，能够在温和的条件下高效、特异性地催化化学反应。而蛋白质由于其结构的多样性和复杂性，能够形成各种不同的活性中心和催化位点，从而满足不同化学反应的需求。酶的催化作用具有高度的特异性，一种酶通常只能催化一种或一类特定的化学反应，这与蛋白质结构的特异性是一致的。

不过，需要指出的是，后来也发现了少数具有催化活性的RNA，被称为核酶。但总体而言，在生物体内，绝大多数酶的化学本质是蛋白质，蛋白质的结构和性质决定了酶的催化特性和生物学功能。