第一阶段：氨基酸转变为酮酸

（1）氨基酸的亲核性NH2基团作用于酶PLp Schiff碱C原子，通过转亚氨基反应（transimination ortransSchiffigation）形成一种氨基酸PLp Schiff碱，同时使酶分子中赖氨酸的NH2基团复原。

（2）通过酶活性位点赖氨酸催化去除氨基酸α氢，医学教育|网搜集整理并通过一共振稳定的中间产物在PLP第4位C原子上加质子，将氨基酸桺Lp Schiff碱分子重排为一个α酮酸PMP schiff碱。

（3）水解生成PMP和α-酮酸。

第二阶段：α-酮酸转变为氨基酸

为完成转氨反应循环，辅酶必需由PMP形式转变为E-PLp-Schiff形式，此过程亦包括三步，为上述反应的逆过程。

（1）PMP与一个α-酮酸作用形成α-酮酸-Schiff碱。

（2）分子重排，α-酮酸-PMp-Schiff碱变为氨基酸-PLP-Schiff碱。

（3）酶活性位点赖氨酸ω-NH2基团攻击氨基酸-PLp-Schiff碱，通过转亚氨基生成有活性的酶-PLP Schiff碱，并释放出形成的新氨基酸。

转氨基反应中，辅酶在PLP和PMP间转换，在反应中起着氨基载体的作用，氨基在α-酮酸和α-氨基酸之间转移。可见在转氨基反应中并无净NH3的生成。