前者只有一个瘘管，后者可有多个瘘口和瘘管。
从临床治疗角度以肛瘘和括约肌的关系较重要，可分为：①括约肌间型——最常见一种，内口位于齿线，瘘管在内外括约肌间行走，外口在肛门周围皮肤；②经括约肌型——瘘管经外括约肌及坐骨肛管间隙而在肛周围皮肤上穿出；③括约肌上型——不常见。瘘管同上穿破肛提肌而在肛门周围远处皮肤上穿出；医学教，育网|搜集整理④括约肌外型——少见，内口在齿线上直肠壁，外口在肛周远处皮肤上，瘘管在内外括约肌外，经肛提肌而下。
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