细菌的特殊结构包括荚膜、鞭毛、菌毛及芽孢（胞）。为某些细菌所缺乏，而为某些细菌所特有的结构。

　　（一）荚膜及其与细菌致病性的关系

　　荚膜菌在其细胞壁外有一层厚>0.2nm黏稠结构称为荚膜，其化学成分在多数菌为多糖。少数菌为多肽。荚膜具有黏附宿主细胞和抗吞噬等致病作用以及抗原性，并且是鉴别细菌的指征之一。

　　（二）鞭毛及其与医学的关系

　　弧菌、螺菌、占半数的杆菌及少数球菌，由细胞膜伸出菌体外细长的蛋白性丝状体，称为鞭毛。根据鞭毛菌上鞭毛位置和数量，分为单毛菌、双毛菌、丛毛菌和周毛菌。鞭毛是运动器，它使鞭毛菌趋向营养物质而逃避有害物质，且具有抗原性并与致病性有关，例如沙门氏菌的鞭毛抗原即H抗原，具有使菌体穿透肠黏液层侵及肠黏膜上皮细胞的功能。

　　（三）菌毛的定义、分类及其与医学的关系

　　1.菌毛许多革兰氏阴性（G^-）菌及少数革兰氏阳性（G⁺）菌在其菌体表面有细而短、多而直的蛋白性丝状体，称为菌毛。

　　2.菌毛的分类菌毛分为普通菌毛和性菌毛两类：①普通菌毛，数量多，每菌可达数百根，短而直，直径3～8nm，长0.2～2微米②性菌毛亦称F菌毛，每菌仅有1～10根，粗而长、中空呈管状，它由F质粒表达。性菌毛菌称为F⁺菌。

　　3.菌毛与医学的关系①普通菌毛可促使细菌黏附于宿主细胞表面而致病。②F+菌的菌体内质粒或染色体DNA，通过中空的性菌毛与F菌表面相应的受体接合（conjugation），可将遗传信息，如细菌毒力、耐药性及耐热性等，传递给F.受体菌，使之获得新的遗传性状。此外，性菌毛也是某些噬菌体的受体，使噬菌体吸附于F^-菌，并使后者获取致病物质，如霍乱弧菌获取霍乱肠毒素。

　　（四）芽孢（胞）及其与医学的关系

　　需氧芽孢（胞）杆菌属或厌氧芽孢（胞）梭菌属的细菌繁殖体，当处于不利的外界环境中，在菌体内形成厚而坚韧芽孢（胞）壁及外壳的圆形或卵圆形小体，称为芽孢（胞）。它为细菌的休眠状态，其抵抗力远远大于繁殖体，是灭菌效果的指征。芽孢（胞）可存活在自然界数年以上，一旦条件适宜，又能出芽回复为繁殖体而致病。例如炭疽、破伤风、肉毒中毒和气性坏疽等，均由芽孢（胞）菌引起。