微生物感染的病原学实验室诊断方法大致包括：①光学显微镜对标本或组织中的病原体的形态学检查；②病原体的分离培养和鉴定；③用免疫学技术对病原体抗原或相应抗体的检测；④用分子生物学方法对病原体特异性基因的检测。
标本采集与送检原则：①采集标本时应无菌操作，贴好标签；②应选择感染部位或病变明显的部位采集标本；③根据疾病不同时期选择在最佳时间采集适宜标本；④尽量在抗生素使用前采集；⑤检查病原体的特异性抗体IgG时，应采集急性期和恢复期双份血清，只有当恢复期血清抗体效价比急性期的效价明显升高达4倍或以上时，方有诊断价值；⑥及时送检。
