引起手足口病的病原体主要为小RNA病毒科、肠道病毒属的柯萨奇病毒（Coxsackievirus）A组16、4、5、7、9、10型，B组2、5型；埃可病毒（ECHOviruses）和肠道病毒71型（EV71）。其中以EV71及CoxAl6型最为常见。
肠道病毒适合在湿、热的环境下生存与传播，对乙醚、去氯胆酸盐等不敏感，75%酒精和5%来苏亦不能将其灭活，但对紫外线及干燥敏感。各种氧化剂（高锰酸钾、漂白粉等）、甲醛、碘酒都能灭活病毒。病毒在50℃可被迅速灭活，但1mol浓度二价阳离子环境可提高病毒对热灭活的抵抗力医学教育`网搜集整理，病毒在4℃可存活1年，在-20℃可长期保存，在外环境中病毒可长期存活。
