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胸腺微环境主要由胸腺基质细胞（thymic stroma cell，TSC）、细胞外基质（extracellular matrix，ECM）和细胞因子等组成。当T祖细胞（pro-T）自胚肝或骨髓进入胸腺后，在胸腺微环境作用下，可诱导其发育分化。在其分化成熟过程中，可先后发生各种分化抗原的表达，各种细胞受体的表达，并通过正和负选择过程，最终形成T细胞库。最后成熟T细胞被迁移出胸腺，并定居于周围淋巴器官，参于淋巴细胞再循环，可分布于全身组织等一系列复杂过程。
1.胸腺基质
细胞胸腺基质细胞可包括起源于胸腺胚基内胚层的上皮细胞和来源于骨髓的巨噬细胞、树突状细胞（dendritic cell，DC）、纤维母细胞、网织细胞和肥大细胞等。在基质细胞中以上皮细胞数量最多、分布最广，可分为皮质上皮细胞和髓质上皮细胞。它们在T细胞分化不同阶段都起重要作用，上皮细胞主要与正选择过程相关，而巨噬细胞等则与负选择过程相关。
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