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药物在和生物大分子作用时，一般是通过键合的形式进行结合，这种键合形式有共价键和非共价键两：大类。
键合作用最终目的：降低药物与生物大分子复合物的能量，增加稳定性，发挥药理活性。
1、共价键键合
不可逆过程，如烷化剂类抗肿瘤药与 DNA 中鸟嘌呤碱基形成共价结合键，产生细胞毒性。
2、非共价键键合
可逆过程，其键合形式有：范德华力、氢键、疏水键、静电引力、电荷转移复合物、偶极相互作用力。
（1）氢键：氢键的生成是由于药物分子中含有孤对电子的 O、N、S 等原子和与非碳的杂原子以共价键相连的氢原子之间形成的弱化学键。
（2）离子-偶极和偶极-偶极相互作用：在药物和受体分子中，当碳原子和其他电负性较大的原子，如N、0、S、卤素等成键时，由于电负性较大原子的诱导作用使得电荷分布不均匀，导致电子的不对称分布，产生电偶极。离子-偶极，偶极-偶极相互作用通常见于羰基类化合物，如乙酰胆碱和受体的作用。
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