在西医中，细菌和病毒作为两种不同的微生物，其致病机制存在明显的区别。

首先，从结构上来说，细菌是一种单细胞生物，具有完整的细胞壁、细胞膜以及细胞核等结构。而病毒则不具备细胞结构，它是由蛋白质外壳包裹着遗传物质（DNA或RNA）组成的微小颗粒。

其次，在繁殖方式方面，细菌能够通过二分裂的方式独立完成自我复制过程；相反地，病毒必须侵入宿主细胞内部利用其代谢系统进行自身核酸的复制和蛋白质的合成，从而形成新的病毒颗粒并释放出去感染其他健康细胞。

在致病机制上：
1. 细菌可以通过多种途径引起疾病。一方面，某些细菌能够产生毒素，这些毒素可以直接损害人体组织或引发免疫反应导致炎症等病理变化；另一方面，一些细菌还能直接入侵人体组织并在其中繁殖生长，造成局部或全身性的感染症状。
2. 病毒致病主要依赖于其对宿主细胞的侵袭能力。病毒进入宿主体内后，会识别并结合到特定类型的细胞表面受体上，然后通过不同的方式将自身的遗传物质传递给这些细胞内部。一旦病毒基因组成功进入细胞核或胞浆中，便会利用宿主细胞内的酶类和能量资源来合成新的病毒成分，并组装成完整的病毒颗粒。这个过程通常会导致被感染的宿主细胞损伤甚至死亡，进而引发一系列临床表现。

此外，由于细菌与病毒在结构、繁殖方式及致病机制上的差异，针对这两种微生物所采取的治疗手段也有所不同。对抗细菌感染主要使用抗生素类药物；而抗病毒治疗则更多地依赖于干扰病毒复制过程中的某个关键步骤或增强机体免疫力的方法。