《内经》作为中医经典著作，阐述了丰富的治则理论，为中医临床治疗提供了重要的指导原则，主要治则如下：
1. 治病求本：这是《内经》治疗法则的核心。《素问·阴阳应象大论》提出“治病必求于本”。本，指疾病的本质。疾病的发生发展虽错综复杂，但本质可归结于阴阳失调，所以治疗疾病时要探求疾病的根本原因，针对病因进行治疗。如外感热病，若因外感风热，治疗就应针对风热之邪，采用辛凉解表之法，而不是仅针对发热等症状进行简单处理。
2. 扶正祛邪：《素问·通评虚实论》说“邪气盛则实，精气夺则虚”。扶正，即扶助正气，增强机体的抗病能力；祛邪，即祛除病邪，消除致病因素。在临床治疗中，要根据正邪双方力量对比来决定扶正与祛邪的主次和先后。如正气虚为主的虚证，应以扶正为主；邪气盛为主的实证，应以祛邪为主；若正虚邪实，就要扶正与祛邪兼顾。例如，肿瘤患者在化疗期间，正气受损，此时可适当扶正，增强机体对化疗的耐受性；而在肿瘤早期，邪气较盛，可侧重于祛邪。
3. 调整阴阳：疾病的发生发展从根本上来说是阴阳失调的结果。《素问·至真要大论》提出“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。调整阴阳就是根据阴阳失调的具体情况，损其有余、补其不足，使阴阳恢复平衡协调。如阳盛则热的实热证，采用清热泻火之法以损其阳；阴盛则寒的实寒证，用温散寒邪之法以损其阴；阴虚则热的虚热证，用滋阴降火之法以补其阴；阳虚则寒的虚寒证，用温阳散寒之法以补其阳。
4. 因时、因地、因人制宜：因时制宜是根据不同季节气候特点来制定治疗原则。如夏季气候炎热，人体腠理疏松，治疗时慎用温热药物；冬季气候寒冷，人体腠理致密，慎用寒凉药物。因地制宜是根据不同地区的地理环境特点来治疗疾病。如西北高原地区，气候寒冷、干燥，