又称DNA分型法：灵敏度高，陈旧微量标本可检测，克服CDC和MLC的不足，前景广阔。

　　（一）聚合酶链反应与SSP分型法方法

　　采用一系列设计的特异性引物，作HLA基因PCR扩增，一对特异性引物只能扩增出结构与其互补的基因片段，根据引物扩增结果，能确定检样的基因型。

　　评价：只需作PCR扩增及PCR产物检测，快速简便

　　（二）PCR-SS0分型法

　　序列特异性寡核苷酸-聚合酶链反应（PCR-SSO）是PCR与杂交相结合的技术。关键：预先知道Ⅱ类基因的核苷酸序列，设计出恰当的探针。评价：需合成大量DNA探针，操作步骤多，适合大规模分型和配型。

　　（三）RFLP与PCR-RFLP分型法

　　限制性片段长度多态性（RFLP）分析，是最早建立的研究HLA多态性的DNA分型技术。

　　方法：PCR扩增的基因片段→等位特异的内切酶消化→切成长度不一、数量不等的基因片段→电泳分离，根据一系列内切酶解格局可确定PCR扩增产物的基因型。

　　关键：预知Ⅱ类基因的核苷酸序列，并据此找到合适的内切酶。

　　评价：不需同位素，简便，适合小规模分型。

　　（四）PCR-SSCP分型法

　　单链构象特异性-聚合酶链反应（PCR-SSCP），是以待测基因PCR扩增为基础，对扩增的DNA单链进行多态性分析的HLA分型方法。该法简单、快速、精确，已初步应用于异基因骨髓移植的配型工作。

　　（五）SBT分型法

　　基于序列的HLA分型法，是一种通过对扩增后的HLA基因片段进行核酸序列测定，从而判断HLA型别的方法。

　　方法：PCR扩增出的HLA基因片段纯化，自动测序仪测序。

　　评价：直接、精确、价格昂贵，主要用于新等位基因的鉴定。