肠结核主要位于回盲部，其他部位依次为升结肠、空肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠和乙状结肠等处，少数见于直肠。偶见胃结核、食管结核。
人体对结核分枝杆菌的免疫力与过敏反应程度影响本病的病理性质。当人体的过敏反应强，病变以炎症渗出性为主；当感染菌量多、毒力大，可发生干酪样坏死，形成溃疡，成为溃疡型肠结核。患者机体免疫状况良好，感染较轻，则表现为肉芽组织增生和纤维化，成为增生型肠结核。兼有这两种病变者并不少见，称为混合型或溃疡增生型肠结核。
1.溃疡型肠结核肠壁的淋巴组织呈充血、水肿及炎症渗出性病变，进一步发展为于酪样坏死，随后形成溃疡，溃疡边缘不规则，深浅不一，可深达肌层或浆膜层，并累及周围腹膜或邻近肠系膜淋巴结。因溃疡基底多有闭塞性动脉内膜炎，故较少发生肠出血。因在慢性发展过程中，病变肠段常与周围组织紧密粘连，所以溃疡一般不发生急性穿孔，偶可发生慢性穿孔而形成腹腔内包裹性脓肿或肠瘘。在病变修复过程中，大量纤维组织增生和瘢痕形成可导致肠管变形和狭窄。
2.增生型肠结核肠壁可见大量结核肉芽肿和纤维组织增生，使局部肠壁增厚、僵硬，亦可见瘤样肿块突入肠腔，上述病变均可使肠腔变窄，引起梗阻。
