主要症状是重度疲乏（往往超过6个月）影响日常生活工作，往往因努力，锻炼，头痛，喉痛或其他应激状态而加重。可伴有淋巴结肿大疼痛，喉痛，头痛，关节痛，腹痛，肌肉痛，低热和认知困难，尤其是难以集中注意力和入眠。许多病人把发病症状和病毒感染样综合征联系起来，伴有淋巴结肿大，极度疲劳，发热和上呼吸道症状。
通常，没有肌肉衰弱，关节炎，神经系疾病或器官肿大的体征出现。然而，某些定义还需要有低热，非渗出性咽炎或淋巴结可触及或有触痛等存在。
由于原因不明，诊断主要在于排除可治疗的疾病。合理的检查项目可包括CBC，常规化学检查，ESR和促甲状腺素。某些病例应加作胸部X线摄片，抗核抗体，类风湿因子，Lyme病抗体，甲或乙肝抗体和艾滋病抗体。其他病毒抗体和其他费用昂贵的检查对阐明病因或作出诊断似乎作用不大。明显的抑郁症或严重的焦虑症可排除慢性疲劳综合征的诊断。
