女性患者，急性细菌性膀胱炎须与其它泌尿生殖系感染相鉴别，外阴道炎与膀胱炎症状相似，但通过盆腔检查和阴道分泌物检出致病菌可明确诊断。急性尿道综合征可引起尿频、尿痛，但尿培养菌落计数较低或无菌生长。急性肾盂肾炎可出现膀胱刺激症状，但有腰痛和发热。
在儿童，某些洗涤剂或蛲虫可引起外阴和尿道刺激症状，且与膀胱炎的症状相似。
男性患者，急性细菌性膀胱炎须与尿道、前列腺和肾脏感染相鉴别，适当的体格检查和实验室检查可资鉴别。
非感染性膀胱炎的症状与细菌性膀胱炎相似，如抗肿瘤治疗（放疗、化疗）引起的膀胱炎、间质性膀胱炎、嗜酸性细胞增多性膀胱炎，膀胱肿瘤等均须一一作出鉴别。
