在慢性细菌性肾盂肾炎中，大部分肾脏瘢痕和肾损害发生于幼儿时期，因此，大多数尿路感染的严重并发症与幼儿肾盂肾炎有关。尽管肾盂肾炎反复发作，但肾脏与泌尿系发育正常的成年患者，极少发生肾瘢痕或功能丧失，但并发于糖尿病、尿路结石、尿路梗阻的成年肾脏感染的患者有进行性肾损害和功能丧失的危险。
慢性肾盂肾炎患者易发生菌血症、高血压和肾结石。尤其是合并感染的结石，某些促使幼儿期细菌性肾盂肾炎发展为成年期慢性肾功能不全的因素有：①治疗不彻底的再发性或持续性感染；②肾脏发育不全或畸形；③出现进行性免疫性损害；④高血压肾损害；⑤严重膀胱输尿管返流对肾脏的损害；⑥出现合并感染的肾结石，特别是感染由产脲酶细菌引起者。
