食物源型肉毒中毒起病急骤，通常在摄入毒素后18~36小时发生，但是其潜伏期可从4小时到8天不等。恶心，呕吐，腹痛及腹泻常常先于神经症状发生。

　　神经症状特征呈双侧性和对称性，始于颅神经，继之发生下行性松弛或麻痹。常见的初始症状和体征有口干，复视，上睑下垂，眼的调节作用丧失，瞳孔对光反射减弱或完全丧失。可出现延髓麻痹症状（例如构语障碍，吞咽困难，发音困难，面无表情）。吞咽困难会导致吸入性肺炎。四肢，躯干的肌肉和呼吸肌呈下行性进行性无力。无感觉功能障碍，神志通常保持清醒。不发热，脉搏正常或缓慢，除非同时并发感染。血，尿，脑脊液的常规检查常属正常。在神经损害出现后常有便秘。主要的并发症是由膈肌麻痹所致的呼吸衰竭和肺部感染。

　　创伤型肉毒中毒常突出表现为神经损害的症状，这与食物源型肉毒中毒的神经症状相似，但无胃肠道症状或提示食物中毒为起因的证据。发病前2周有损伤和深部刺伤史，常提示该诊断。应仔细地检查皮肤的破损和因自注非法药品所引起的皮肤脓肿。

　　婴儿型肉毒中毒最常见于不满6个月婴儿。据报道，最小的患者为2个月，而最大的为12个月。起因是因为摄入肉毒杆菌的芽胞，并在大肠内繁殖，在体内产生毒素，与食物源型不同的是，婴儿型肉毒中毒并非由摄入现成的毒素所引起。90%的病例最初表现为便秘，继之出现神经肌肉性麻痹，从颅神经开始，逐步向外周和呼吸肌群发展。典型颅神经缺陷表现为上睑下垂，眼外肌麻痹，啼哭无力，吸奶减弱，作呕反射减弱，口角流涎及面无表情。病情轻重程度不等，从轻度嗜睡和吸奶减慢至严重的肌张力减低和呼吸功能不全。大多数病例是特发性的，但是有些病例可因摄入蜂蜜而引起。肉毒杆菌芽胞在外环境中是很常见的，有些病例与摄入含有用显微镜才能发现的该菌的灰尘有关。