关节感染会促发炎症反应（关节炎），以杀死微生物，但同时也损伤了关节组织。
感染源由下列途径到达关节：（1）直接播散（损伤，手术，注射，咬伤）；（2）邻近感染进入关节（如骨髓炎，软组织脓肿，感染的伤口）；（3）血液传播，皮肤，呼吸系统，泌尿系统和消化系统的感染病灶经血液循环到达关节滑膜。
感染的微生物多集中在滑液和滑膜组织。毒力因素如粘附因子可以使细菌定植在关节组织上，如金黄色葡萄球菌产生的粘附因子。由革兰氏阴性菌产生的内毒素（脂多糖），细胞壁骨架成分，革兰氏阳性菌产生的外毒素，细菌抗原与抗体结合产生的免疫复合物，都会促发炎症反应。多核中性粒细胞（PMN）移行进入关节，吞噬病原体。在吞噬病菌的同时PMN释放的溶酶体酶也造成滑膜，韧带及软骨的损伤。因此，PMN是宿主重要的防线也是引起急性细菌性关节炎的主要因素。其次，慢性感染（如RA），滑膜可再生修复（形成血管翳）并造成关节软骨和软骨下骨的损伤，即使应用抗生素控制了感染，滑膜炎症仍继续存在。有理论认为感染使软骨变成抗原辅以细菌成分参与免疫调节，造成反应性滑膜炎。
