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分为内科治疗与外科治疗两部分，以内科治疗为主。
一、内科治疗：如脑血吸虫：药物治疗首选吡喹酮。对伴癫痫发作者同时予以抗痫药物，对颅内压增高应予脱水治疗，有明显变态反应表现者应给予类固醇激素药物静脉滴注或口服。
二、手术治疗：血吸虫虫卵肉芽肿经药物治疗无效或不能耐受药物治疗的患者；伴有严重颅内增高并可能出现脑疝者；与脑瘤鉴别诊断困难需活栓者均为手术治疗适应证。手术治疗后仍应根据病情进行必要的药物治疗。
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