具有典型尿路感染的临床表现和尿细菌学检查阳性者易于诊断，但不典型的尿路感染病例则容易误诊。造成误诊的主要原因是：对本病的复杂性、多样性认识不足，未能及时进行实验室检查，或有时未准确了解实验室检查的意义。在临床上不典型的尿路感染占有相当大的比例，因此对于这类患者进行鉴别诊断是重要的。本病主要应与尿道综合征、肾结核、肾小球疾病、前列腺炎、尿路结石、发热性疾病、腹部器官炎症等鉴别。
1.发热性疾病：有部分急性尿路感染的病人以发热为主症。尿路刺激症状不明显易与发热性疾病如流感、上呼吸道感染、疟疾、败血症等混淆，但若能详细洵问病情，不疏漏尿路感染的局部症状，并及时查尿沉渣，甚至作尿细菌学检查，则鉴别诊断不难。
2.腹部器官炎症：有些尿路感染病例主要表现为腹痛、恶心、呕吐、发热、血白细胞数增高，易误诊为急性胃肠炎阑尾炎、附件炎等，若能及时查尿液则易于鉴别。
3.尿道综合征：在有尿道症状的妇女中，约70%的患者有脓尿和细菌尿，为真性尿路感染。而另外30%的患者不是真正的尿路感染，而属于尿道综合征。这类病例在临床上常常容易被误诊为尿路感染。
4.尿路感染还应与肾结核、肾小球肾炎、前列腺炎等疾病鉴别。
